Çok az yan etkileri olan bir tedavidir. Hastaların bir kısmında seanstan sonra hafif baş ağrısı görülmektedir.
TMS tedavisinde antidepresan ilaçlarının neden olduğu ağız kuruluğu, uykusuzluk, baş dönmesi, kilo alma, cinsel işlev bozukluğu gibi yan etkiler görülmez.
